Según el procedimiento de la segunda fase, las Comunidades Autónomas tienen hasta el 23 de octubre de 2013 para enviar por vía telemática y con firma electrónica al Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas una relación certificada por el Interventor General de la Comunidad Autónoma en la que figure el pendiente de pago.

Desde el 29 de octubre hasta el 14 de noviembre de 2013, los proveedores podrán consultar esta relación y aceptar, en su caso, el pago de la deuda a través de este mecanismo.

En el caso de que una comunidad autónoma no presentara la relación certificada de facturas, sus proveedores, así como los no incluidos en la relación inicial, podrán solicitar hasta el 15 de noviembre de 2013 a la Comunidad Autónoma deudora la emisión de un certificado individual de reconocimiento de la existencia de obligaciones pendientes de pago, que reúnan los requisitos previstos..

El certificado individual se expedirá por el Interventor General de la Comunidad Autónoma en el plazo de diez días hábiles desde la presentación de la solicitud. En el caso de que no se hubiera contestado la solicitud en plazo se entenderá rechazada. 
Esto es así porque el Real Decreto 8/2013 reconoce el derecho de cobro de su factura pendiente al proveedor, independientemente de si la Comunidad Autónoma remite una relación de facturas pendientes o no.

En esta segunda fase, se permitirá que las Comunidades Autónomas puedan normalizar todos sus pagos pendientes y reducir su deuda comercial acumulada, antes de la entrada en vigor de la nueva normativa en materia de morosidad, atendiendo al resto de proveedores no cubiertos en el primer tramo, que se inició en junio, ya que éste priorizó el pago de servicios básicos, como conciertos en materia sanitaria, educativa y servicios sociales, convenios, transferencias al tercer sector y subvenciones en I+D+i, así como a los proveedores de las entidades locales.